W ramach Organizacji Jedności Afrykańskiej również powstał regionalny system ochrony praw człowieka. Stało się to dzięki przyjęciu przez OJA w 1981 r. afrykańskiej Karty praw człowieka i narodów, która weszła w życie w 1986 r.; znaczna większość państw Afryki ratyfikowała Kartę. Dokument – prawa i procedury – wyraźnie odzwierciedla specyfikę i tradycje regionu oraz poziom jego dojrzałości do podjęcia tej problematyki. Stąd też, mimo iż Karta nie pomija klasycznych praw obywatelskich i politycznych, punkt ciężkości jest przesunięty na prawa ludów, obowiązki człowieka, jego prawa ekonomiczne i społeczne; sporo mówi się także w tym dokumencie o „koniecznych” ograniczeniach praw człowieka.
Ze szczególną mocą podkreśla się – co zrozumiałe – zasadę niedyskryminacji i równości
w korzystaniu z praw. Słabością dokumentu jest jego niezbyt ścisły i nieprecyzyjny język, umożliwiający dowolność interpretacji, a zatem obniżający skuteczność postanowień. Charakterystyczna dla Karty jest również jedność i nierozłączność praw i obowiązków. Obowiązki są czasem ujmowane w sposób ograniczający prawa, ich specyfikę uwidacznia m.in. obowiązek ochrony i umacniania pozytywnych wartości kulturalnych Afryki, społecznej i narodowej solidarności czy moralnego popierania dobrobytu społeczności.
Umieszczenie praw narodów w Karcie afrykańskiej jest w znacznym stopniu pochodną dyskusji, jakie toczyły się w tym czasie w Organizacji Narodów Zjednoczonych. Za takie prawa uznano prawo narodów do samostanowienia, suwerenność nad ich zasobami naturalnymi, prawo do rozwoju, prawo do pokoju oraz prawo do środowiska sprzyjającego ich rozwojowi.
Mechanizmy te ustanowione przez Kartę są słabe i mają polityczny charakter; brak jest organów sądowniczych. Obowiązkiem państw wynikającym z Karty jest – obok wypełniania postanowień składanie co dwa lata sprawozdań na temat środków podejmowanych w celu urzeczywistniania zawartych w niej praw. Sprawozdania są rozpatrywane przez Afrykańska Komisję Praw Człowieka i Narodów.
Do zadań Komisji należy interpretacja Karty, rozstrzyganie sporów związanych
z naruszaniem praw, a także działania na rzecz upowszechniania tej problematyki
i krzewienia świadomości praw człowieka na Czarnym Lądzie. Karta przewiduje również możliwość skargi, i państwowej, i indywidualnej. Procedura skargi państwowej ma dwojaki charakter. Państwa mogą próbować rozstrzygnąć spór w trybie dwustronnym – na przykład przez bezpośrednie rokowania, bez udziału Komisji.
Mogą też posłużyć się Komisją, której zadaniem jest wtedy doprowadzenie do rozstrzygnięcia polubownego, a w przypadku fiaska – przekazanie stosownego raportu Zgromadzeniu Szefów Państw lub Rządów, głównemu organowi OJA. Kompetencje Zgromadzenia w tej materii nie są jednak jasno określone. Natomiast skargi indywidualne Komisja może rozpatrywać jedynie wtedy, gdy są one liczne, a więc zachodzi prawdopodobieństwo występowania „poważnych i masowych” naruszeń praw człowieka. Zresztą, w takim przypadku Komisja powinna przekazać sprawę do Zgromadzenia, co praktycznie uniemożliwia podjęcie decyzji.
Obserwacja praktycznej sytuacji praw człowieka i narodów wykazuje, że system, który powołała Karta, jest jeszcze bardzo odległy od rzeczywistości. Zawarte w niej prawa
i zasady dalece wyprzedzają realia społeczne, ekonomiczne, religijne, obyczajowe na tym kontynencie. Zdaniem wybitnych afrykańskich intelektualistów, sytuacja w tej sferze jest pod wieloma względami gorsza niż w czasach kolonializmu. Liczne konflikty etniczne
w Afryce, a zwłaszcza ludobójstwo, do jakiego doszło w rejonie Wielkich Jezior wiosną 1994 r., i towarzyszące im dalsze masowe naruszanie praw człowieka w następnych latach (zwłaszcza w Zairze-Kongu) są przykładem nieadekwatności ustanowionej przez Kartę regionalnej ochrony praw człowieka.
W praktyce jedynymi realnymi, międzynarodowymi czynnikami ochrony tych praw w Afryce są działania podejmowane przez organizacje międzynarodowe typu ONZ, organizacje pozarządowe oraz pomoc rządów krajów wyżej rozwiniętych. Rządy afrykańskie zdają się oczekiwać, iż to właśnie w ten sposób dojdzie do poprawy sytuacji praw człowieka w ich krajach.